Di SMPIT Bunayya para santriwati belajar tidak hanya akademik, tetapi juga akhlak dan spiritualitas. Mereka terlibat dalam kegiatan-kegiatan seperti shalat berjamaah, membaca, menghafal serta memahami kandungan isi Al-Quran. SMPIT Bunayya juga menekankan nilai-nilai seperti disiplin, kesederhanaan, dan toleransi. Para santriwati belajar dalam lingkungan yang aman dan terjaga dari pengaruh negatif luar karena di lingkungan pesantren. Selain itu, SMPIT Bunayya juga memberikan kesempatan bagi para santriwati untuk mengembangkan keterampilan dan bakat mereka dalam berbagai bidang seperti seni, olahraga, pramuka dan kegiatan sosial. Hal ini membuat SMPIT Bunayya menjadi tempat yang ideal bagi para santriwati untuk tumbuh dan berkembang secara holistik.